بررسي بيان ژن CAMK2N1 در نئوپلاسم تيروئيد در جمعيت اصفهان

كارشناسي ارشد

نئوپلاسم تيروئيد، شايع‌ترين بدخيمي سيستم درون‌ريز در انسان است و فراوان‌ترين نوع آن سرطان پاپيلاري تيروئيد (PTC) مي‌باشد. با توجه به‌سرعت افزايش ابتلا به اين نئوپلاسم، پيش‌بيني مي‌شود اين بيماري به چهارمين نوع شايع سرطان در سراسر جهان تبديل شود. مكانيسم ژنتيكي بروز PTC به‌طور كامل مشخص نيست. بنابراين يافتن ژن‌هاي مهم دخيل در بروز اين بيماري مي‌تواند از اهميت بالايي برخوردار باشد. آناليز داده‌هاي حجيم زيستي از جمله داده‌هاي ريز آرايه (Microarray) مي‌تواند براي يافتن ژن هاي با بيان متفاوت بين نمونه‌هاي بيمار و سالم، بسيار حائز اهميت باشد. در اين مطالعه تعداد 12GSE از پايگاه داده NCBI GEO بارگذاري شدند. سپس نرمال سازي داده‌ها به روش Log2 Transformation و Quantile Normalization انجام شد. بر اين اساس با انجام آناليز بر روي داده‌هاي ميكرواري و با استفاده از بسته‌ي Limma به ژن‌هاي با بيان متفاوت (DEG) دست پيدا كرديم. سپس با اشتراك گيري ميان ژن‌هاي مشترك مربوط به اين آناليزها، ژن‌هاي كليدي معني‌دار (p.value < 0.05) با بيان متفاوت ميان بافت‌هاي PTC و بافت نرمال مجاور به دست آمد. در بررسي‌هاي آزمايشگاهي، ميزان بيان ژن CAMK2N1 در 20 نمونه، شامل 10 نمونه تومور PTC و 10 نمونه بافت سالم مجاور تومور، با تكنيك RT-qPCR بررسي شد. به منظور طراحي پرايمرها از دو نرم‌افزار بيكون ديزاينر 8.1 و اليگو 7 استفاده شد. با تعيين نواحي تلاقي اگزون‌ها، طراحي تقاطع پرايمرها انجام‌ شد. همچنين بهينه سازي دماي Tm نيز صورت گرفت. انجام مرحله‌ي RT-qPCR در اين پژوهش با استفاده از دستگاه Rotor-Gene Q و به كمك رنگ فلوئورسنت سايبر گرين انجام شد. نتايج حاصل اين ارزيابي با استفاده از نرم‌افزار REST 2009 مورد تجزيه‌وتحليل آماري قرار گرفت. بر اساس نتايج به‌دست‌آمده، افزايش بيان معني‌دار 596/3 برابري ژن CAMK2N1 در نمونه‌هاي PTC در مقايسه با بافت سالم مشاهده شد (012/0p.value=). ميزان تغييرات بيان ژن CAMK2N1 در ارتباط با انواع واريته PTC، اندازه تومور، سن و سابقه‌ي كم كاري تيروئيد در بيماران مبتلا به PTC، از لحاظ آماري معني‌دار نبود. با اين حال افزايش بيان معني‌دار 657/5 برابري ژن مذكور در نمونه‌هاي PTC كه با متاستاز همراه بودند (N1) نسبت به نمونه‌هاي PTC بدون متاستاز (N0) مشاهده شد ) 001/0(p.value=.

229557

دانشگاه اصفهان

محسن كلاهدوزان

زيست شناسي سلولي مولكولي - ژنتيك

سيد مرتضي جوادي راد