بررسي عملكرد دنازيم 6YR25 بر سوبستراهاي جهش يافته ي نقطه اي طراحي شده و سنتز شده از توالي ژنوم ويروس هپاتيت ب.

كارشناسي ارشد

نگاه به نوكلئيك اسيد تنها به عنوان ماده ژنتيكي به دوصورت DNA و RNAتا اوايل دهه 1980 ميلادي با كشف RNA وDNAهاي كاتاليتيك تغيير كرد. آنزيم هاي از جنس اسيد نوكلئيك را مي توان به رايبوزيم ها ؛ دئوكسي رايبوزيم ها يا دنازيم(DNAzyme) و پليمرهاي ژنتيكي تقسيم بندي كرد.دئوكسي رايبوزيم ها بر اساس واكنشي كه بر سوببستراي نوكلئوتيدي انجام مي دهند را ميتوان به برش DNA؛ برش RNA ؛ اتصال RNA و اتصال DNA تقسيم بندي كرد.موضوع مهم در استفاده از اين آنزيم ها علي الخصوص دنازيم هاي برش دهنده؛ طراحي درست و دقيق آن ها و ايجاد شرايط محيطي درست براي عمكرد بهينه آن هاست.لازم بذكر است كه اين آنزيم ها براي عملكرد خود و گرفتن ساختار كاتاليتيك ؛ به شرايطي از جمله pH محيطي خاص ؛ غلظتي مشخص از يونهاي فلزي مثل Mn2+ و... نياز دارند .آنزيم هاي اسيد نوكلئيكي چه رايبوزيم ها و چه دنازيم ها داراي دو قلمرو مختلف يكي با فعاليت آنزيمي (هسته ي كاتاليتيك) و ديگري براي شناسايي سوبستراي (قلمروهاي متصل شونده به سوبسترا) هستند. به دليل تشابه نوكلئوتيدي در توالي هدف،گاهي اوقات اين امكان وجود دارد كه دنازيم علاوه بر برش در سوبستراي خاص در سوبستراي مشابه ديگر برش ايجاد كند كه آن را مسئله Off-target issue مي نامند ؛ به طور دقيق تر مي توان گفت كه يك دنازيم مي تواند علاوه بر شناسايي توالي جايگاه تشخيص ويژه خود در يك توالي خاص و ايجاد برش در آن در جايگاه هاي غير اختصاصي مشابه نيز برش ايجاد كند.از اين رو واكاوي و تحليل اين مسئله در ابتدا براي بهبود اثربخشي و سپس كارايي دنازيم ها ضروري است. از اين رو براي بررسي اين مسئله يك دنازيم با نام 6YR25 كه در حضور كوفاكتور هاي Mn2+ و Zn2+ ساختار كاتاليتيك به خود مي گيرد انتخاب شد. سوبستراي اين آنزيم از قسمتي از توالي ويروس هپاتيت B با توجه به ويژگي هاي خاص ژنومي اين ويروس است كه آن را براي ايجاد برش در DNA تك رشته توسط دنازيم مستعد مي كند ؛ استفاده شد. از ژنوم ويروسي سنتز شده در فرم هاي بدون جهش و جهش دار نقطه اي و بررسي رفتار دنازيم در مواجه با اين سوبسترا ها در شرايط آزمايشگاهي استفاده شدو در هرحالت Ymax و kobs واكنش براي بررسي اثر جهش در سوبسترا بر فعاليت دنازيم محاسبه شد.

227942

دانشگاه اصفهان

بيوشيمي

فاطمه جوادي زرنقي