بررسي بيوانفورماتيكي ژن هاي MYD88 و GRB2 در سرطان معده

بندرانزلي

زمينه و هدف: تجزيه و تحليل بيوانفورماتيك ژن‌هاي MYD88 و GRB2 در سرطان معده نسبتاً محدود است. اگرچه برخي از مطالعات منتشر شده در مورد نقش اين ژن ها در سرطان معده وجود دارد، ولي تعداد كلي انتشارات گسترده نيست. سرطان معده يكي از بزرگ‌ترين مسائل سلامتي جهان است كه نيازمند بررسي عميق تر نقش ژن‌هاي خاص در پاتوژنز اين بيماري است. اين مطالعه به بررسي نقش ژن‌هاي MYD88 و GRB2 در سرطان معده و پيامدهاي بالقوه آنها براي تشخيص و درمان پرداخته است. از روش‌هاي تجزيه و تحليل داده‌هاي بيان RNA-seq بهره گرفته شده و مشاهده شده است كه MYD88 و GRB2 در نمونه‌هاي تومور معده نسبت به بافت‌هاي نرمال تنظيم مثبتي دارند، كه نشان از دخالت آنها در پاتوژنز سرطان معده مي‌دهد. اين نتايج بر اهميت اين ژن‌ها در تنظيم فنوتيپ بدخيم سلول‌هاي سرطان معده و پتانسيل آنها به عنوان نشانگرهاي زيستي يا هدف‌هاي درماني تأكيد مي‌كند. مواد و روش ها: به منظور بررسي ميزان بيان ژن‌هاي هدف GRB2 و MYD88 در نمونه‌هاي بافتي بيماران مبتلا به سرطان معده در مقايسه با نمونه هاي بافتي مجاور سالم از ديتابيس Gepia2 استفاده شد. در مرحله بعد به منظور يافتن مهمترين پروتئين‌هاي مرتبط با MYD88 و GRB2 و تشكيل شبكه تعاملي پروتئين-پروتئين (Protein-protein interaction network) از ديتابيس GeneMANIA استفاده شد. GeneMANIA عملكرد ژن ها و مجموعه هاي ژن مورد مطالعه را پيش بيني نمود. GeneMANIA با استفاده از مجموعه بسيار بزرگي از داده هاي ارتباط عملكردي، ژن هاي ديگري را پيدا مي كند كه به مجموعه اي از ژن هاي ورودي مرتبط هستند. سپس بر اساس پايگاه داده‌هاي غني سازي آنلاين مثل KEGG و GO مسيرهاي زيستي دخيل در اين شبكه‌هاي PPI مشخص و مورد بررسي قرار گرفت تا به اعتبار سنجي اين ژن‌ها كمك كنند. اطلاعات عملكردي و مسيرهاي غني‌شده براي شبكه‌هاي PPI MYD88 وGRB2 براساس هستي‌شناسي ژن (Gene Ontology) و اطلاعات مسيرهاي KEGG با استفاده از بسته clusterProfiler در R مورد مطالعه قرار گرفت. تست‌هاي حاشيه نويسي عملكردي با مقدار p < 0.05 و مقدار q < 0.05 از نظر آماري معني دار در نظر گرفته شد. يافته ها: در اين مطالعه از روش‌هاي تجزيه و تحليل داده‌هاي بيان RNA-seq بهره گرفته شده و مشاهده شده است كه MYD88 و GRB2 در نمونه‌هاي تومور معده نسبت به بافت‌هاي نرمال افزايش بيان معناداري دارند، كه نشان از دخالت آنها در پاتوژنز سرطان معده مي‌دهد. نتايج حاصل از بررسي شبكه PPI نشان دهنده پروتئين‌هاي كليدي كه با MYD88 و GRB2 تعامل دارند مي‌توان به IL1RAP، TLR2/4، EGFR، ERBB2، KIT، ABL1، AR اشاره كرد كه مسيرهاي مولكولي متنوعي را براي اثرات آنها در تومورزايي معده فراهم مي‌كنند. تجزيه و تحليل غني‌سازي عملكردي شبكه‌هاي PPI، فرآيندهاي بيولوژيكي و مسيرهاي سيگنال دهي مرتبط با MYD88 و GRB2 را مشخص كرده و نشان داده است كه اين ژن‌ها در فرآيندهاي مانند سيگنالينگ فاكتور رشد و مسيرهاي سيگنالينگ ERBB نقش دارند و اهميت آنها در پيشرفت سرطان معده را تأكيد مي‌كند. نتيجه گيري: در نتيجه، اين مطالعه نشان مي‌دهد كه ژن‌هاي MYD88 و GRB2 نقش مهمي در سرطان معده دارند و افزايش بيان آنها، دخالت در فرآيندهاي بيولوژيكي حياتي، و غني شدن در مسيرهاي سيگنالينگ كليدي، بر پتانسيل آنها به عنوان تنظيم كننده‌هاي اصلي تومورزايي معده تأكيد مي‌كند. درك مكانيسم‌هاي مولكولي حاكم بر فعاليت‌هاي MYD88 و GRB2 براي توسعه رويكردهاي درماني هدفمند و رويكردهاي تشخيصي مبتني بر نشانگرهاي زيستي در سرطان معده ضروري است. به‌طور كلي، ادامه تحقيقات در اين زمينه مي‌تواند به توسعه راهكارهاي درماني براي مديريت سرطان معده كمك كند. البته تعيين ميزان اثرگذاري هر كدام از اين ژن ها نيازمند مطالعات تخصصي تر و باليني مي باشد. واژگان كليدي: نشانگر هاي زيستي، Myd88و GRB2 ، بيوانفورماتيك، سرطان معده

227527

علوم پزشكي گيلان