شناسايي RNAs غير كد شونده طويل دخيل در القاي بولتينگ اسفناج

اصفهان : دانشگاه صنعتي اصفهان

كشاورزي

كارشناسي ارشد

چكيده اسفناج يك سبزي مفيد يك‌ساله و حساس به بولتينگ يا زودگلدهي است چرا كه گلدهي باعث كاهش شديد كيفيت و بهره‌وري مي‌شود. در واقع بولتينگ يك رويداد ناشي از اثرات هماهنگ بين عوامل محيطي مختلف و اجزاي ژنتيكي دروني است. اگرچه برخي از ژن‌هاي كليدي دخيل در مكانيسم‌هاي گلدهي در اسفناج شناسايي شده‌اند، اما RNAs طويل غيركدشونده(lncRNAs) هنوز مورد بررسي قرار نگرفته‌اند. از اين رو، در اين مطالعه از رويكردهاي بيوانفورماتيك براي تجزيه و تحليل مجموعه داده‌هاي ترنسكريپتوم دو كلتيوار مختلف ويروفلاي (ديرگلده‌ترين) و كاشان (زودگلده‌ترين) در دو مرحله رويشي و زايشي به منظور شناسايي lncRNAs و ساخت شبكه‌هاي ژني lncRNA-mRNAs استفاده شد. همچنين همبستگي بين ماژول‌ها و صفات فنوتيپي مورد بررسي قرار گرفت. در اين مطالعه، در مجموع 1141 lncRNA بالقوه شناسايي شد كه 111 مورد آن به طور قابل توجهي بين مراحل رويشي و زايشي بيان متفاوتي داشتند. آناليزهاي GO و KEGG انجام شده بر روي ژن هدف lncRNAs نشان داد كه lncRNAs نقش مهمي در تنظيم گلدهي اسفناج دارند. تجزيه و تحليل شبكه‌ها منجر به شناسايي ژن‌هاي شناخته شده مرتبط با گلدهي مانند ELF، COL1، FLT و FPF1 و همچنين برخي از فاكتورهاي رونويسي مانند MYB، WRKY، GATA و MADS-box كه تنظيم كننده‌هاي مهم گلدهي در اسفناج هستند، شد. اين مطالعه اولين گزارش در مورد شناسايي lncRNAs مربوط به بولتينگ و گلدهي بر اساس توالي يابي ترنسكريپتوم در اسفناج است كه منبع مفيدي براي مطالعات ژنوميك عملكردي، تحقيقات بيان ژن‌ها، ارزيابي شبكه‌هاي تنظيم‌كننده ژن‌ها و برنامه‌هاي اصلاح مولكولي در تنظيم مكانيسم‌هاي ژنتيكي مربوط به بولتينگ در اسفناج مي‌باشد.

218139

بيوتكنولوژي

مهندسي كشاورزي

دانشگاه صنعتي اصفهان